Changer le port d'écoute d'un serveur SSH est une très bonne idée. Mais parfois, certains programmes ont un peu de mal quand ils cherchent à dialoguer avec un serveur qui ne répond pas sur le port TCP 22. C'est le cas de Git.
Mais c'est un problème qui s'arrange en quelques lignes !

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Il vous suffit d'éditer le fichier .ssh/config (à créer s'il n'existe pas) pour y ajouter ceci :

Host 1.2.3.4
	Port 6666
	User username

Ainsi, les applications sauront quel port TCP utiliser.

Le paramètre Host accepte une IP ou un nom de machine.

Pour plus d'informations sur le fichier config de SSH, consultez le billet simplifiez-vous la vie avec un fichier de config SSH.